Очевидно, что арест Зайнабитдинова связан с его ролью наблюдателя за демонстрациями в Андижане, которые достигли пика 12-13 мая, и предположительно привели к тому, что правительственные войска открыли огонь по тысячам в основном безоружных мирных граждан. Зайнабитдинову предъявили серьёзные обвинения, такие как «терроризм» - деяние, за которое согласно Уголовному кодексу Узбекистана предусмотрена смертная казнь.

Зайнабитдинов присутствовал на суде над 23 местными предпринимателями, обвиняемыми по различным статьям Уголовного кодекса Узбекистана в связи с их предполагаемым участием в организации под названием «Акрамия», и представлял интересы одного из обвиняемых. По-видимому, именно процесс по делу предпринимателей послужил толчком к состоявшимся в Андижане демонстрациям. Власти Узбекистана обвинили членов и сторонников «Акрамии» в попытке организации беспорядков в Андижане с целью создания в стране исламского государства. Движение также связывали с запрещённой оппозиционной партией «Хизб-ут-Тахрир», считающейся в Узбекистане «террористической» организацией. Все 23 обвиняемых отрицали свою причастность к деятельности запрещённых исламских группировок.

Зайнабитдинов находился в Андижане 13-го мая, и его версия происходивших там событий, которую он сообщил международным средствам массовой информации, резко отличалась от официальной. В дальнейшем его рассказ процитировали многие международные средства массовой информации. Двадцать первого мая Зайнабитдинова произвольно задержали сотрудники правоохранительных органов и поместили под стражу в Андижанском районном управлении внутренних дел. Затем в июле его, по имеющимся сведениям, перевезли в Ташкент. Ни родные, ни адвокат Зайнубитдинова не смогли выяснить, где именно его содержат в Ташкенте.

По сведениям, полученным от Программы по мониторингу прав человека в Центральной Азии неправительственной организации «Мемориал» (базирующейся в Москве), 29-го и 30-го мая Зайнабитдинову разрешили позвонить родным. По телефону он подтвердил, что ему предъявили обвинение в «клевете» (ст. 139 УК), за которое предусмотрено лишение свободы сроком до трёх лет. Обвинение было, по-видимому, связано с опубликованным в интернете в апреле 2005 года открытым письмом по поводу суда над 23 предпринимателями в Андижане. Зайнабитдинов, предположительно, сообщил сыну по телефону, что с ним «обращаются хорошо» и возможно вскоре освободят под залог. В начале июля ему предъявили дополнительные обвинения в «терроризме» (ст. 155 УК) и в «распространении ложных сведений с целью посеять панику» (ст. 244-1 часть 2 УК).